בית המשפט לענייני משפחה מוסמך לדון בכל העניינים המשפחתיים הנובעים מסכסוך משפטי. החוק אינו קובע מפורשות שהוראותיו חלות על בני זוג מאותו מין, ועל כן חלק מבתי המשפט לענייני משפחה קובעים במקרים מסוימים כי אינם מוסמכים לדון בסכסוכים בין בני זוג מאותו מין.
בשנים האחרונות המגמה המשפטית היא להעניק פרשנות רחבה יותר למונח בן זוג, ולהחיל אותם גם על בני זוג חד מיניים. במקרה שבית משפט מסרב לדון בתביעה בין בני זוג מאותו מין, ניתן לערער על החלטתו. כמו כן, זוגות חד מיניים יכולים להיות מוכרים בארץ כזוגות ידועים בציבור ולקבל זכויות דומות.
הכרה בנישואים חד מיניים
הדין הדתי בישראל אינו מכיר בנישואים חד מיניים, וכיום בני זוג מאותו מין אינם יכולים להינשא בארץ. יחד עם זאת בני זוג שנישאו במדינה זרה שבה מוכרים נישואים חד מיניים, ובידיהם מסמכים המאמתים את הנישואים, יכולים להציג בפני פקיד הרישום של משרד הפנים את המסמכים ולהירשם במרשם האוכלוסין כ"נשואים". הזכות היא לרישום בלבד, ולא מקנה לבני הזוג מעמד של זוג נשוי.
בני זוג מאותו מין שרשמו כנשואים במרשם האוכלוסין בישראל, יכולים להתגרש באמצעות פנייה לבית המשפט לענייני משפחה. לשם כך נדרשים הצדדים לפנות לבית המשפט לענייני משפחה ולהגיש תביעה להורות למשרד הפנים למחוק את רישום הנשואים במרשם האוכלוסין.
הסמכות הבלעדית להורות על גירושין בישראל היא של בית הדין הדתי שרלוונטי לדתם של בני הזוג, ואם מדובר בבני זוג יהודים, הסמכות להתרת נישואין היא של בית דין רבני. מאחר שהרבני אינו מכיר בנישואים חד מיניים, הוא אינו יכול להורות על גירושין של מי שנישאו בנישואים מסוג זה. כאשר בית הדין הדתי אינו מכיר בנישואים חד מיניים, הסמכות להתיר אותם היא של בית המשפט לענייני משפחה, אך כיום אין עדיין הלכה מחייבת בסוגיה זו.
הסכם לחיים משותפים לזוגות חד מיניים
זוגות חד מיניים רשאים לערוך הסכם לחיים משותפים, המשמש כמו הסכם ממון, כדי להסדיר את יחסיהם ואת מערכת זכויותיהם הכלכליות. בסמכותו של בית המשפט לענייני משפחה לאשר הסכמים גם בין בני זוג מאותו מין, על כן אפשר לאשר הסכם ממון בבית המשפט לענייני משפחה, ולהעניק לו תוקף של פסק דין, אולם ההסכם יהיה בעל תוקף משפטי מחייב גם ללא אישור בית המשפט.
בני זוג מאותו מין שערכו ביניהם הסכם ממון ומעוניינים שבית משפט לענייני משפחה יאשר את ההסכם ויעניק לו תוקף של פסק דין, זכאים להתדיין בבית המשפט. כמו כן אישה המעוניינת לתבוע את בת זוגה וגבר המעוניין לתבוע את בן זוגו במקרה של פרידה, זכאים להגיש תביעה בבית המשפט בדלתיים סגורות.
ירושה של בן זוג מאותו מין
בני זוג מאותו מין יכולים להיות זכאים לזכויות ירושה כמו לזכויותיהם של ידועים בציבור, אולם אין עדיין הלכה משפטית מחייבת בתחום זה. בני זוג מאות מין, המעוניינים להבטיח כי לאחר מותם הירושה תעבור לבני זוגם, נדרשים לערוך צוואה אשר תבטיח את מימוש רצונם להוריש אחד לשני את רכושם. בדרך זו ניתן להימנע מחוסר הוודאות ומהתלות בפסיקת בית המשפט.
זכויות מביטוח לאומי במקרה של מוות או נכות בן זוג
בן זוג מאותו מין של עובד שנפטר בעקבות פגיעה בעבודה, עשוי להיות זכאי לגמלת תלויים לבני משפחה של נפטר מפגיעה בעבודה, אם הוא עומד בשאר תנאי הזכאות של המוסד לביטוח לאומי. כמו כן, זוגות חד מיניים וילדיהם עשויים להיות זכאים לתוספת לקצבת זקנה ולגמלת סיעוד עבור בני זוג וילדים.